生物信息学教学由理论课和实验课两部分组成，理论课教学时数36学时，实验课18学时。
授课中以生物信息学生物信息学的基础理论和相关的数据库以及应用软件为中心内容。要求学生在掌握各种生物信息学相关数据库的基础上，熟悉各种相关的生物信息学软件的使用。在教学过程中，以案例为中心，注重实验和理论相结合，并适当让学生了解和尝试相关的编程方法和编程软件。采用计算机多媒体技术进行辅助教学。
在教学中注重学生基础理论和基本知识掌握能力的培养、理解能力和思维能力的培养、创新能力的培养及自学能力的培养。
在实验课教学中，通过具体的实例让学生熟悉生物信息学数据库和软件的使用，提高生物信息学分析能力，课后安排作业，课程结束后要求学生分析一个实际案例，培养学生在生物信息学分析上的分析问题、解决问题及创新能力，培养严谨务实的科学态度。